Согласно картам общего сейсмического районирования территории Российской Федерации сейсмичность территории РА соответствует 8-9 баллам шкалы МСК-64 при среднем периоде соповторения сотрясений такой силы 500 лет и 9-10 баллов при периоде 5000 лет. Сейсмогенерирующими структурами на территории ГА являются активизированные на современном этапе разломы разных направлений (в основном субширотного и субмеридионального направлений). В рассматриваемом регионе выделено три сейсмоактивных зоны: Чуйская, Чарышская и Шапшальская.
Чуйская зона включает наряду с другими структурами Чуйскую и Курайскую впадины. Эта зона ограничена с северо-востока зоной глубинного Кузнецко-Алтайского разлома (на рассматриваемой территории представлена только Алтайская его часть), на юго-западе - зоной сложного Бащелакско-Южно-Чуйского глубинного разлома (Платонова, 2004).
Шапшальская сейсмоактивная зона приурочена к Шапшальскому глубинному разлому, проходящему в северо-западном направлении и разделяющему Алтае-Саянскую зону на две примерно равные части (Платонова, 2004). Северо-восточнее Шапшальского разлома находится Шапшальский антиклинорий, сложенный нижнепалеозойскими породами с крупным Шапшальский гранитным массивом в ядерной части. В последние десятилетия отмечается сейсмическое "молчание" Шапшальской зоны.
Чарышская зона, к которой было приурочено проявление Чуйского землетрясения в сентябре 2003 года (Дмитриев, 2004) определена полосой влияния Чарышско-Теректинского глубинного разлома на участках пересечения его с субширотными разломам. Нельзя не обратить внимания на сложность и неоднородность Чарышско-Теректинской зоны разломов, а также на ее большую протяженность. Интересен и механизм разгрузки тектонофизических напряжений в данной зоне. В юго-восточной части (Курайский и Северо-Чуйский хребты) напряженное состояние недр снимается за счет землетрясений, а в северо-западной части (Теректинский хребет) разрядка происходит за счет проявления низкоатмосферных свечений и террокосмических сияний, связанных с геоэффективными вспышками на Солнце (Сурков, 2000; Дмитриев, 1983, 1998).
Согласно (Еманов и др., 2004) целесообразно более подробно отметить определенную специфику сейсмической активности на территории Горного Алтая в последние два десятилетия. Начиная с 1985 года активизировались сейсмические процессы в Чуйской и Курайской впадинах, в Чаган-Узунском (Сокорском) приподнятом блоке, в Курайском, Северо- и Южно-Чуйском хребтах. По данным инструментальных наблюдений, проводимых с 1963 года на сейсмологических станциях Алтайского сейсмологического полигона, 1985, 1996, 2000 и 2001 годы отличаются повышенной величиной суммарной сейсмической энергии. В эти годы суммарная сейсмическая энергия составляла соответственно 1012, 1.5∙1012, 2∙1012 и 6∙1011 Дж. Подчеркнем, что средняя величина суммарной энергии в предыдущие годы не превышала 3∙1011 Дж. Характерно также, что эпицентры землетрясений находились на небольших глубинах (≤ 20км).