Шавлинский заказник был создан в 1981 г. как зоологический для увеличения плотности населения животных на его территории. В 1992 г. он был преобразован в комплексный биологический заказник, т.е основной целью его деятельности является сохранение сообществ растительного и животного мира. Его площадь 237200 га, что составляет 2,6% территории республики.
Находится Шавлинский республиканский комплексный заказник на территории Кош-Агачского, Онгудайского, Улаганского административных районов. Заказник охватывает центральную, наиболее высокогорную часть Республики Алтай. Это один из наиболее сохранившихся уголков нетронутой природы Республики Алтай. Его территория удалена от автомобильных дорог и населенных пунктов, ограждена труднодоступными отрогами Катунского, Северо-Чуйского и Южно-Чуйского хребтов.
Абсолютные отметки высот изменяются от 2068 м до 3727 м. Геологическая структура относится к раннему этапу формирования территории Алтая. Среди горных пород преобладают песчаники, известняки.
В рельефе преобладают три типа: среднегорье, поверхности выравнивания, высокогорье. Многочисленные формы рельефа, моделирующие поверхность территории, связаны с деятельностью текучих вод, ледников, карста и физического выветривания. В известняках долины р.Чуя открыта Б.Чуйская пещера, протяженностью 547 м.
Климат континентальный со средними температурами января от -18"С до -23"С, июля от +8"С до +15"С. Минимальная - ниже -50°С, максимальная - до + 30°С. Реки относящиеся к бассейну Катуни являются крепными ее притоками. Это Аргут и Чуя. Насчитывается более 200 ледников, площадью 117,7 км2. Озера относятся к малым водоемам, преимущественно ледникового происхождения. Особенно живописно Шавлинское озеро. Почвы дерново-подзолистые, черноземовидные, серые лесные и тундровые.
В заказнике представлен широкий спектр растительных поясов.
Степной пояс представлен настоящими степями, располагающимися по южным склонам. Здесь обычно встречается осока твердоватая, лапчатка вильчатая, лапчатка бесстебельная, змееголовник поникший, лук линейный. На скалах и осыпях - барбарис сибирский, очиток гибридный, жимолость мелколистная и др. Остепненные луга занимают речные террасы и лесные поляны. Для них характерно большое разнообразие видов: мятлик сибирский, сборная, горец горный, клевер люпиновидный, курильский чай.
Лесной пояс выражен хорошо, хотя на юге заказника отмечается отдельными фрагментами. В растительном покрове лесов преобладают ель, сосна сибирская (кедр), изредка пихта. В нижней части лесного пояса обычны лиственница, береза повислая.
Ближе к верхней границе леса из кустарников появляются береза круглолистная, из трав - водосбор железистый, горькуша альпийская, герань ложносибирская.
В долинах рек распространены формации лиственнично-еловых, березово-еловых, иногда еловых лесов со сходным видовым составом растений.
На юге заказника встречаются ивово-тополевые леса с ивой Ледебура, топо- лемлавролистным.
Субальпийский пояс по нижней границе представлен кедрово-лиственничными и кедровыми редколесьями с фрагментами кустарников и субальпийских лугов. Субальпийские высокотравные луга отмечаются в наиболее увлажненных районах Шавлинского заказника. Здесь можно встретить рапонтикум сафлоровидный (маралий корень), горькушу Фролова, чемерицу Лобеля, герань белоцветковую. В южной части заказника имеют место низкотравные субальпийские луга, они приурочены к безлесным склонам.
Альпийский пояс представлен высокогорными альпийскими лугами, занимающими значительные площади по склонам северной экспозиции, где выделяются крупнотравные, мелкотравные и кобрезиевые луга.
В Шавлинском заказнике произрастает около 30 видов растений, включенных в Красную книгу Республики Алтай. Это редкие - живокость укокская, мезостемма Мартьянова, уязвимые - борец ненайденный, ревень алтайский, роза остроиглистая, род иол а морозная, редкие - касатик Потанина и многие другие.
Большое число редких видов на юге заказника требует расширения границ охраняемой территории для сохранения уникальной флоры этого района.
Животный мир Шавлинского заказника богат и разнообразен. Его разнообразие связано с географическим положением и с разнообразием природных комплексов. Здесь есть пылящие степи на террасах реки Аргут, крутые степные и лесостепные склоны с выходом на поверхность каменных россыпей и отвесных скал, горная тайга с разнообразными лесообразующими породами, каменистые и кустарниковые горные тундры, высокогорные субальпийские и альпийские луга, снежники и ледники крайнего высокогорья. В лесных массивах Шавлинского заказника высокая численность крупных хищников: бурого медведя, волка, росомахи, рыси. Много здесь парнокопытных: лося, марала, косули, кабарги. Много пушных зверьков: соболя, белки. На горных скалистых кручах встречается сибирский горный козел. Богата охотничья фауна из куриных птиц. На степных террасах и склонах обитает бородатая куропатка. В лесных массивах - глухарь, тетерев, рябчик. В тундрах и на горных лугах - белая и тундряная куропатки. На озерах платообразного водораздела между реками Чуя и Шавла много водоплавающих птиц и куликов. В разнообразных местообитаниях встречаются самые разные виды птиц. Реки изобилуют хариусом, а по их берегам живет американская норка.
Из особо охраняемых видов животных, внесенных в Красную книгу Республики Алтай, здесь отмечено 20 видов. Из насекомых - это обыкновенный аполлон; из рыб -ускуч; из земноводных - очень редкая на Алтае зеленая жаба, впервые обнаруженная именно здесь, в долине Аргута в 1970 году; из пресмыкающихся тоже очень редкая и тогда же найденная здесь степная гадюка; из птиц на горных озерах гнездится, делая плавучие гнезда прямо на воде, чернозобая гагара, есть здесь черный аист, скопа, беркут, балобан, сапсан, алтайский улар, на открытых, свободных от леса местах в долинах рек гнездится степной вид - журавль-красавка, очень редко, но встречается самая крупная в фауне птиц России дрофа. На степных склонах с камнями и скалами гнездится очень редкий на Алтае родственник курицы - кеклик, птица весом чуть больше 0,5 кг. В тундрах и нагорных лугах гнездится горный дупель. В осеннее время был отмечен стенолаз - небольшая птица с ярким оперением и тонким, длинным, загнутым вниз клювом, удобным для вынимания насекомых из узких скальных щелей. На каменистых степных террасах гнездится, из воробьиных птиц, каменная овсянка, а в высокогорьях - жемчужный вьюрок и большая чечевица. Из млекопитающих на реках, богатых рыбой, обитает выдра, в высокогорьях пока еще встречается снежный барс. Находящийся на территории заказника бассейн реки Юнгур планируется преобразовать в кластерный участок будущего заповедника “Сайлюгем”.
Функция Шавлинского республиканского комплексного заказника - сохранение биологического разнообразия в местах концентрации ценных видов растительного и животного мира для обогащения ими соседних территорий.