Катунский государственный природный биосферный заповедник был создан 25 июня 1991 года Постановлением Совета Министров РСФСР. Целью создания заповедника является сохранения уникальных высокогорных природных комплексов и восстановления численности редких и исчезающих видов животных (снежного барса, манула, барана-аргали и других).
Замысел создания заповедника в высокогорьях Южного Алтая имеет долгую историю. Впервые эту идею выдвинул В.П. Семенов-Тян-Шанский в 1917 г. К середине 1960-х годов некоторые исследователи Алтая вновь отмечали необходимость организации заповедника на Юге Алтая для сохранения уникальных высокогорных комплексов и решения проблемы восстановления численности редких и исчезающих видов животных (снежного барса, манула и др.). На рубеже 1970-х годов этот вопрос стал обсуждаться в центральной и региональной печати. С 1975 по 1985 год было предложено несколько вариантов создания заповедника, обсуждаемых на региональном и российском уровнях.
В 1987 г. появился нынешний проект биосферного заповедника “Катунcкий”. Решением ежегодной конференции ЮНЕСКО в Киото (Япония) 2 декабря 1998 г. государственный природный заповедник “Катунский” включен в список Всемирного природного наследия ЮНЕСКО (“Алтай золотые горы”). В сентябре 1999 г. на заседании Комиссии ЮНЕСКО по биосферным резерватам было рассмотрено предложение о при сво-ении заповеднику “Катунский” статуса биосферного. Данный проект предполагает включение в состав будущего биосферного заповедника территории правобережья р. Катунь.
Был предложен следующий план зонирования: ядро (строго охраняемая зона) - настоящая территория заповедника “Катунский” (151 637 га); буферная (охранная) зона (около 61 250 га); биосферный полигон - территория по правобережью р. Катунь и национальный парк “Белуха” (около 357 000 га). В январе 2000 г. заповедник получил статус биосферного.
Заповедник расположен в высокогорьях Южного Алтая на территории Усть-Коксинского района Республики Алтай.
Территория Катунского заповедника включает в себя южные, и в меньшей степени, северные склоны Катунского хребта и северные склоны хребта Листвяга. Заповедник расположен в наиболее высокогорной части Катунского хребта (за исключением массива г. Белуха).
Абсолютные высоты заповедника колеблются от 1300 до 3280 м н.у.м. В пределах Катунского заповедника ярко виден контраст глубоких долин и крутых склонов высоких хребтов.
Осевые участки Катунского хребта повсеместно видоизменены древними и современными ледниками, деятельность которых зафиксирована в островершинных пиках и чашеобразных долинах со множеством красивых озер.
Климат территории определяется тремя основными факторами: положением в умеренных широтах северного полушария, господством западного переноса воздушных масс с Атлантики и влиянием в зимнее время мощного азиатского антициклона. Среднеянварские температуры в котловинах составляют -18-22°С, а в высокогорьях -15-17°С, тогда как сред неиюльские температуры изменяются соответственно от + 13-+ 15°С до +4-+6°С. Среднегодовое количество осадков от 500 мм в долинах до 1000-1500 мм.
Все поверхностные воды Катунского заповедника представлены истоками р. Катунь и ее притоков. Реки имеют горный характер, как правило, у них крутые отвесные склоны, а днища долин и русла водотоков заполнены валунами, галькой. Протяженность речной сети на территории Катунского заповедника 1200 км. На территории заповедника 135 озер, каждое площадью 0,9 га и более. Самое большое озеро Катунского хребта - Тайменье имеет площадь 381 га, глубину 67 м. В долине р. Мурта расположен красивейший каскад озер, включающий озера Нижнее, Среднее и Верхнее.
На Катунском хребте находится значительная часть самого мощного в Сибири современного оледенения, в заповеднике расположен Западно-Катунский центр оледенения, насчитывающий 148 ледников общей площадью 79,8 кв. км.
Растительный покров территории заповедника не отличается большим разнообразием. Более 50% высокогорий - это царство льда, снега, скал и каменистых россыпей. Свободные от льда и многолетних снежников каменистые россыпи покрыты лишайниками, увлажненные участки тундр - мхами. Значительные площади высокогорной тундры заняты ерниками - зарослями карликовых кустарников из березки и ивы. Ерники образуют самостоятельный подпояс на высотах 2100-2500 м над уровнем моря.
Подлинное чудо заповедника - альпийские и субальпийские луга. Низкотравные альпийские луга поражают обилием ярких цветов. Здесь и голубые водосборы, и разноцветные фиалки, и горечавки с розетками цветов от белого до ярко-синего, и ярко-оранжевые купальницы, и бледно-желтые маки, и оранжево-желтые цветы золотого корня, и покрытые нежным пухом эдельвейсы. Внушительную картину представляют субальпийские луга с буйным высокотравьем. Здесь яркие фиолетовые, синие и даже белые цветы аконитов, синие раскидистые соцветия живокости, лиловые цветы маральего корня - одного из доминантов субальпийских лугов. К сожалению, многие участки альпийских и субальпийских лугов деградировали вследствие перевыпаса скота до создания заповедника.
Леса в заповеднике носят островной характер. На правобережье Катуни преобладают лиственница и сосна сибирская, на левобережье - сосна сибирская, пихта и ель. В лесу, на скалах и на каменистых россыпях среднегорий много видов смородины с крупными гроздьями от бледно-розовых до иссиня-черных ягод.
Список высших сосудистых растений Катунского заповедника содержит сведения о 663 видах. В Красной книге Республики Алтай (растения), опубликованной в 1996 г., а затем в 2007 г., в Катунском заповеднике или в непосредственной близости от него отмечено 19 охраняемых видов растений. Это щитовник гребенчатый - папоротник из семейства щитовниковые; костенец алтайский и костенец волосовидный - папоротники из семейства костенцовые; аконит ненайденный -из семейства лютиковые; ревень алтайский - из семейства гречишные; родиолы морозная, ярко-красная, четырехчленная и розовая (золотой корень) - из семейства толстянковые; шиповник остроиглистый - из семейства розоцветные; копеечник чайный (красный корень) и остролодочник смешиваемый - из семейства бобовые; маралий корень - из семейства астровые (сложноцветные); кандык сибирский и гусинолук зернистый - из семейства лилейные; голосемянник алтайский - из семейства барбарисовые; лук алтайский и лук карликовый - из семейства луковые; пальцекорнник Фукса - из семейства орхидные.
Несомненно, при дальнейших флористических исследованиях в заповеднике этот список будет пополнен.
Животный мир Катунского заповедника состоит из видов, свойственных горно-таежному и высокогорному высотным поясам. Здесь возможны нередкие встречи с бурым медведем, водятся и другие крупные хищники: волк, росомаха, рысь. В Катунском заповеднике, как и в Алтайском, высокая численность марала, сибирской косули, соболя. На скалистых горных кручах в восточной части заповедника можно наблюдать группы сибирского горного козла. В лесных угодьях обитает мелкий пушной зверек с ценным мехом - белка. На альпийских лугах встречается много крупных, до 9 кг весом, грызунов. Это серый или алтайский сурок. По берегам Катуни и на ее рыбных притоках водятся занесенная в Красную книгу Республики Алтай речная выдра и акклиматизированная на Алтае еще в первую половину прошлого века американская норка. Из птиц охотничьей фауны водятся, как и во всех таежных лесах Сибири, глухарь, тетерев, рябчик. В горной тундре и на альпийских лугах много белой и тундряной куропаток, длинноклювого кулика - азиатского бекаса. На Катуни нередки разные виды уток, из них чаще других встречается рыбоядный вид - большой крохаль.
На территории Катунского заповедника отмечено 17 видов животных, занесенных в Красную книгу Республики Алтай. Среди них редкая на Алтае бабочка чернушка Киндерманна.
Из птиц в последнее время чаще стал наблюдаться редкий в России, белогрудый, крупный, с длинными красными ногами и с красным клювом черный аист. Был отмечен рыбоядный хищник - скопа. Залетает с соседних территорий степной лунь, самцы этого вида почти белые, с темными концамикрыльев, а самки рыжевато-бурые с белой перевязью на спине перед хвостом. На альпийских лугах заповедника летом охотится на многочисленных здесь сурков крупный пернатый хищник, беркут, а после залегания сурков в глубоких норах на зимнюю спячку, беркуты охотятся на крупных зимующих птиц, на зайцев, лисиц, даже на молодых косуль. В небольшом количестве на территории заповедника гнездится сокол балобан.
Благодаря хорошо поставленной в заповеднике охране, есть надежда, что этот сокол, которого в других местах отлавливают браконьеры для продажи, сохранится. Встречается на территории Катунского заповедника самый быстро летающий среди всех птиц сокол-сапсан, развивающий скорость при пикировании на добычу более 300 км в час. На альпийских лугах около скал держатся выводки эндемика - алтайского улара. Здесь же можно встретить высокогорного длинноклювого кулика, горного дупеля или, по-другому, бекаса-отшельника, занесенного в Красную книгу Республики Алтай как когда-то редкого, а ныне, из-за прекращения выпаса скота на его местообитаниях, восстанавливающего свою численность. Из млекопитающих на заповедную территорию при охоте на горных козлов заходит животное, ставшее эмблемой Катунского заповедника - снежный барс. Описание животных, которые встречаются не только в Катунском заповеднике, но и в Алтайском заповеднике тоже, приведено в тексте характеристики Алтайского государственного заповедника.
Функции Катунского государственного биосферного природного заповедника - охрана всего природного комплекса на закрепленной территории, изучение всех компонентов этого комплекса природы в их саморазвитии без вмешательства человека, экологический туризм и пропаганда экологических знаний.