Гидрографическая сеть на территории района выражена хорошо. Самой крупной водной артерией является река Катунь. Она протекает по западной границе района с юга на север. Река Катунь имеет хорошо выработанную долину, которая окружена горами высотой 400-900 м. Русло р. Катунь широкое, а в районе с. Майма с множеством притоков. Острова в русле галечниковые и песчаные, покрытые кустарниками. Катунь довольно полноводная, вода в ней холодная и мутная, течение быстрое.

Крупный приток Катуни река Майма, которая имеет хорошо выработанную долину с шшириной русла 5-10 м., глубиной 0,5-1м. Более мелкие притоки Черемшанка, Муны. Кроме того на территории района есть много речек, ручьев и родников, которые протекают в межгорных понижениях. В горах русла рек и ручьев каменистые, узкие. Вода в них чистая, пресная, холодная. Все они питаются за счет малых и дождевых вод. Гидрографические ресурсы района вполне обеспечивают хозяйственные потребности в воде для бытовых нужд, питья, животноводства. На территории района находится одно озеро - Манжерокское.