Первым следам человеческой деятельности, обнаруженным при археологических раскопках, тысячи лет. Самый древний объект на территории Республики Алтай - Улалинка. Найденные здесь каменные орудия, изготовленные путем нагревания и быстрого охлаждения камня, относятся к периоду 1,5 млн -150 тыс. лет до н.э.
Много экспонатов, найденных при раскопках пещер, относятся к периоду каменного века (пещера Денисова и Усть-Канская пещера). Были найдены остатки древних поселений под открытым небом, такие как Кара-Бом, Усть-Сема и многие другие.